Il s'agissait pour les conservateurs et édiles de cette époque de présenter des objets de tous horizons et des œuvres d'art aux techniques et décors variés, propres à inspirer la population locale, notamment les artisans graveurs sur armes et les dessinateurs textiles. Cette orientation a été partiellement impulsée par Marius Vachon qui renomma l'institution « musée d'Art et d'Industrie » en 1889. Ces pièces sont entrées dans les collections par le biais de plusieurs legs ou donations aux XIXe et dans la première moitié du XXe siècle. Le plus important est sans doute le legs de Jean-Marie Ogier, en 1912. Ce peintre et dessinateur de tissus, grand collectionneur, avait réuni tous types d'objets d'époques et matériaux divers, à la mode des "cabinets de curiosité" des temps passés. Sa collection de plus de 700 pièces a été léguée à sa gouvernante qui en a fait don au musée : peintures, sculptures, céramiques, armes, pièces de métallurgie, mobilier composaient cet ensemble.
D'autres amateurs éclairés ont contribué à enrichir ces fonds, comme les Duplessis qui, à la fin du XIXe siècle, ont donné plusieurs tapisseries, des céramiques et des pièces en étain. Les collections ont été complétées par les contributions de nombreux anonymes sensibilisés à la sauvegarde de leur patrimoine.
Ainsi, la collection d'art décoratifs se compose d'œuvres graphiques de nature et techniques diverses (affiches, gravures, encres, huiles sur toile), d'émaux (65 pièces), d'objets d'art en ivoire.
Elle comporte un nombre remarquable de monnaies, médailles et plaques (plus de 1000 pièces) de graveurs renommés comme Augustin Dupré (222 œuvres), Rambert Dumarest (22 médailles), Louis Merley (83 objets dont la pièce de 20 francs de 1848), Georges Dupré (155 médailles et plaques), Joanny Durand (22 objets). De beaux meubles en bois sculpté et tapissés complètent la collection : chaise à porteurs, fauteuils (notamment un indiscret), clavecin du XVIIIe siècle, coffres, armoires et cabinets.
Le musée est aussi doté d'une intéressante collection de céramiques d'environ 700 pièces allant du XVe au XXe siècle, dont plus de la moitié date des XVIIe et XVIIIe siècles. Elle est représentative des grands centres de production de France et d'Europe. Celui de Moustiers-Sainte-Marie y est majoritaire, complété par des œuvres de Nevers, Roanne, Lyon, Rouen, Meillonnas, Lunéville, Sèvres mais aussi d'Italie (Faenza, Pavie), des Pays-Bas (Delft), d'Allemagne, d'Angleterre. Quelques pièces de Chine ou du Japon figurent dans cette collection.
Enfin, le "musée universel" possédait autrefois une collection d'histoire naturelle. Celle-ci a été déposée en décembre 1990 au Muséum d'Histoire Naturelle de Lyon, plus à même de la conserver et de la valoriser.
